河弧菌可移动遗传元件的预测与分析

来源：疾病监测杂志2022年第5期北京时间：

作者：黄元铭,李臻鹏,程倩,韩雨,梁未丽

摘要：目的 研究河弧菌中可移动遗传元件的种类和分布，探究其对河弧菌适应性进化的意义。方法 从公共数据库中获取170株河弧菌的基因组数据，使用MGEfinder软件识别河弧菌中的可移动遗传元件，并对其种类、插入活性、分布及毒力因子进行研究。结果 170株河弧菌基因组中共识别到1 227个可移动遗传元件。 这些元件可归类为完整噬菌体、不完整噬菌体、插入序列、含有第二类内含子的元件、含有丝氨酸/酪氨酸重组酶的元件、含有末端重复序列和编码基因的元件、只含有编码基因的元件以及不含任何开放读码框的元件共8类。 317个代表性元件序列簇中有307个转座活性都较低，但高转座活性的可移动遗传元件在河弧菌中分布更广泛。 可移动遗传元件携带的编码基因的功能主要涉及基因复制、重组、修复，以及基因转录等。 可移动遗传元件在环境分离株和临床分离株的分布没有差异。 在插入序列、含有丝氨酸/酪氨酸重组酶的元件、含有末端重复序列和编码基因的元件以及只含有编码基因的元件这4种可移动遗传元件中识别到多种毒力因子，且不同的可移动遗传元件携带的毒力因子不同。结论 河弧菌含有多种类型、多种功能的可移动遗传元件，表现出以高转座活性可移动遗传元件为主导的适应性进化特征。

关键词：河弧菌, 可移动遗传元件, 水平基因转移, 毒力, 生存