宏基因组测序在腹泻暴发调查中的应用

来源：疾病监测杂志2021年第6期北京时间：

作者：崔志刚,遇晓杰,赵嘉咏,张剑峰,周海健,李臻鹏,阚飙,卢昕

摘要：目的 评价宏基因组测序技术在腹泻暴发中的潜在应用价值。方法 收集2017年报告的2例聚集性腹泻暴发事件的样品，针对样品进行多重荧光PCR检测；同时，应用宏基因组测序技术对样品进行测序，基于测序数据分析暴发事件的病原体。结果 案例1采用多重荧光PCR检测，仅检测到副溶血弧菌；而采用宏基因组测序技术除检测到副溶血弧菌外，还检测到更高丰度的沙门菌。案例2采用多重荧光PCR未检测到病原体的样品，采用宏基因组测序技术检测到了志贺菌。结论 宏基因组测序不需先验知识进行预判，可以避免引入误判，更有利于发现混合感染，而且在保证足够测序深度的情况下，可以获得比荧光PCR法更高的检测灵敏度。

关键词：宏基因组测序, 腹泻, 暴发