基于基因组序列的3种沙门菌分子血清分型方法比较研究

来源：疾病监测杂志2021年第5期北京时间：

作者：陈丹妮,韩营营,李杰,李臻鹏,闫梅英

摘要：目的 比较3种沙门菌分子血清分型方法，获得一种准确度较高的方法用来替代传统的血清凝集技术用于沙门菌血清型判定。方法 对覆盖50个血清型的509株沙门菌提取核酸进行全基因组测序，根据全基因组序列分别利用多位点序列分型（MLST）、SalmonSeroPredicition以及SISTR（Salmonella in silico typing resource）3种方法在线预测获得每株菌的血清型，然后与传统血清凝集获得的血清型进行一致性比较分析，评估每种方法血清型预测的准确度。结果 SISTR、MLST以及SalmonSeroPredicition预测血清型的准确率分别为96.67%、93.52%、69.16%。 常见沙门菌血清型印第安纳沙门菌和鼠伤寒沙门菌血清型预测正确率最高，为100%，德尔卑沙门菌、肠炎沙门菌血清型预测正确率分别为99.17%、95.74%。 3种方法均预测错误的血清型有肠炎沙门菌、德尔卑沙门菌和沙门菌的萨拉姆亚种、亚利桑那亚种和双相亚利桑那亚种等；预测错误原因主要是基因序列丢失和鞭毛抗原基因未表达。结论 基于基因组序列的SISTR血清型预测方法具有较高的血清型预测准确度，在传统血清凝集难以开展或沙门菌鞭毛基因不表达的情况下，可以替代血清凝集试验进行沙门菌血清型判定。

关键词：沙门菌, 全基因组测序, <i>Salmonella</i> in silico typing resource, 多位点序列分型, 分子血清分型