肠球菌菌种鉴定方法的探索

来源：疾病监测杂志2021年第5期北京时间：

作者：白一波,徐明超,焦一帆,周娟,张思慧,杨晶,刘丽云,徐建国

摘要：目的 选择一种能将肠球菌属鉴定到种水平的快速准确的方法。方法 分别使用生化鉴定方法、16S rRNA基因测序技术、rpoA基因测序技术、基因组杂交技术（DNA–DNA hybridization，DDH）和平均核苷酸相似度（Average nucleotide identity，ANI）对12株肠球菌进行种水平鉴定，并比较生化鉴定方法、16S rRNA基因测序技术和rpoA基因测序技术和DDH/ANI结果的一致性。结果 经过DDH和ANI鉴定，分离自高原野生岩羊粪便的12株肠球菌中有5株屎肠球菌，4株海氏肠球菌，1株蒙氏肠球菌，1株鹑鸡肠球菌和1株疑似肠球菌属内新种，rpoA基因序列比对结果与DDH/ANI结果高度一致，生化鉴定和16S rRNA基因测序技术与DDH/ANI结果不完全相符。结论 rpoA基因序列比对可以方便快捷准确的将肠球菌鉴定到种水平。

关键词：肠球菌, <i>rpoA</i>基因, 16S rRNA基因, 生化鉴定, 基因组杂交技术, 平均核苷酸相似度