基于16S rRNA和gyrB基因的施万菌种水平鉴定分析

来源：疾病监测杂志2021年第1期北京时间：

作者：蔡红艳,方玉洁,于可艺,黄振洲,代航,王多春

摘要：目的 构建基于16S rRNA和gyrB基因对施万菌(Shewanella)进行种水平鉴定的方法，比较2个基因的鉴定能力差异。 方法 利用DnaSP 6.0软件对施万菌16S rRNA 和gyrB 基因的信息位点数及其百分比、核苷酸多态性值、平均G＋C含量、非同义突变率与同义突变率的比值（Ka/Ks）、Tajima检验进行基因多态性分析。 用MEGA 6.06软件的邻接距离矩阵法对90株测试菌株和54株模式菌株构建16S rRNA 和gyrB 基因的进化树。 用MEGA 6.06软件的Kimura’s 2-parameter模型，确定90株测试菌株的菌种后，计算16S rRNA 和gyrB 基因的遗传距离和序列相似性。 比较两者对施万菌种水平鉴定能力差异。 结果 16S rRNA和gyrB基因序列相似性平均值分别为95.0%、80.8%。 在16S rRNA基因进化树中，S. marinintestina和S. sairae、S. livingstonensis和S. vesiculosa的进化分支几乎完全相同，gyrB基因则能在种水平将所有菌株区分开。 16S rRNA基因的种内和种间相似性范围小。 结论 与16S rRNA基因相比，gyrB基因能够更准确的用于施万菌的种水平鉴定。

关键词：施万菌, 16S rRNA, <i>gyrB</i>, 鉴定