secA1基因用于诺卡菌菌种鉴定分型的研究

来源：疾病监测杂志2016年第12期北京时间：

作者：司晨琛,李振军,唐璐,韦超,吉兴照,徐帅,楼永良

摘要：目的 研究secA1基因在诺卡菌菌种的鉴定分型能力。方法 对59株诺卡菌的secA1基因进行聚合酶链反应扩增，扩增片段纯化后测序，并从GenBank数据库下载32株诺卡菌secA1基因序列进行补充，采用DNAStar软件对所有序列计算种内与种间相似度水平，并用Mega 6.06软件的邻接法构建诺卡菌菌种系统发育进化树。结果 91株受试诺卡菌secA1基因的种内相似度为97.2%~100.0%，平均相似度达98.6%；种间相似度为85.2%~98.4%，平均相似度达91.8%。以secA1基因构建的系统发育进化树中，16种诺卡菌被准确分离为16个独立的分支，诺卡菌近缘种新星诺卡菌复合体、少食/短链诺卡菌复合体均可有效分离。结论 secA1基因序列分析为诺卡菌菌种的鉴定分型提供了一种新方法，在诺卡菌近缘种的分型方面有独特的优势。

关键词：诺卡菌, secA1基因, 鉴定, 分型