甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系优化与引物筛选

来源：华中农业大学学报杂志2015年第6期北京时间：

作者：徐刚红

摘要：以甘蔗黑穗病菌（Sporisorium scitamineum）交配型菌株基因组DNA为模板，在单因素优化试验的基础上，采用L16(45)正交试验设计，对影响甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、rTaq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优化的甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系： DNA模板12.50 ng、dNTPs 0.17 mmol/L、 引物0.46 μmol/L、 Mg2+1.7 mmol/L、 rTaq DNA聚合酶0.85 U、 1×Buffer（Mg2+ free），总体积25 μL。应用优化体系从30条SCoT引物中筛选扩增条带清晰且多态性丰富的10条引物，并利用这10条引物对10份地理来源和寄主来源不同的甘蔗黑穗病菌交配型菌株基因组DNA进行SCoT标记，结果共扩增出86条带，多态性比率为58.67%，平均每条引物扩增8.60条。UPGMA聚类分析结果表明： 在遗传相似系数为0.75的水平上，可将10个菌株分为3类，聚类结果与菌株的地理来源有一定的相关性。

关键词：甘蔗黑穗病菌; SCoT标记; 体系优化; UPGMA聚类分析

基金资助：广东省公益研究与能力创新专项（2014A020208094）； 华南农业大学人才引进启动资金项目（13009）