猪流行性腹泻病毒变异株（CH/YNKM8/2013）的分离鉴定和全基因组序列分析

来源：华中农业大学学报杂志2016年第4期北京时间：

作者：吴美洲

摘要：为研究猪流行性腹泻病毒（PEDV）变异株特性，通过细胞培养、细胞病变（CPE）观察、RTPCR、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定1株PEDV变异株（CH/YNKM8/2013株）并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法，测得该毒株的全基因组序列（GenBank登录号为KF761675.1）。该毒株S基因N端比CV777毒株S基因的N端长9 bp，包括15 bp的插入和6 bp的缺失，表明CH/YNKM8/2013为变异毒株。同源性分析显示，该毒株的基因组序列与我国广东2011年分离毒株LC的同源关系最近，相似性为99.6%，与韩国毒株KNU1305和美国毒株USA/Minnesota84/2013的序列相似性均为99.0%，而与CV777疫苗毒株的相似性较低，为96.7%。序列进化树分析表明该毒株和我国新近毒株、韩国及美国的变异毒株进化关系较近，而与我国之前流行的PEDV毒株以及疫苗毒株CV777处于不同分支。

关键词：猪流行性腹泻病毒; 变异毒株; 分离; 鉴定; 全基因组序列分析

基金资助：国家现代产业(生猪)技术体系项目（CARS36）；国家自然科学基金项目（31272572）