畜禽群体中基于SNP标记的亲子鉴定及亲本推断方法

来源：华中农业大学学报杂志2016年第5期北京时间：

作者：罗元宇

摘要：利用双亲高密度SNP标记信息，在畜禽群体中进行亲子鉴定及亲本推断新方法的计算机程序开发，并使用模拟的600 000个SNP标记对该程序进行测试。结果表明：对系谱正确性进行鉴定时，SNP标记数大于100即可达到100%的亲子鉴定准确率；对错误的系谱关系进行潜在亲子关系推断时，SNP标记数大于300可保证100%的推断准确率。标记平均MAF较低会降低亲子推断准确率。在程序运行效率方面，当使用50 000的SNP标记对1 000条错误率为10%的系谱进行亲子鉴定和推断时，共耗时332.87 s，且计算耗时与标记数及个体数呈线性变化。本研究基于孟德尔遗传原理，设计并开发了基于双亲及后代基因型的亲子鉴定及亲本推断程序，该方法运行速度快，操作简单，准确性高，值得在畜禽群体基因组相关研究方面进行推广应用。

关键词：亲子鉴定; 亲本推断; SNP标记; 孟德尔错误; 准确率

基金资助：国家现代农业（生猪）产业技术体系项目（CARS-36）；科技部科技基础性工作专项（2014FY120800）；国家自然科学基金项目（31200925）；广东省自然科学基金项目（2014A030313453）