团头鲂MHCⅡ α基因的SNP位点开发、鉴定及与抗病性状关联分析

来源：华中农业大学学报杂志2017年第4期北京时间：

作者：柴欣

摘要：用嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）感染团头鲂(Megalobrama amblycephala)区分抗病和易感组，通过PCR扩增及测序在MHCⅡ α基因上筛选单核苷酸多态位点（single nucleotide polymorphisms,SNP），利用高分辨率熔解曲线法和限制性内切酶酶切法对SNP进行分型，分析其多态性及与抗病性状之间的关系。在MHCⅡ a基因上共筛选出35个候选SNP位点，占MHCⅡ a基因总碱基的1.45%，包含30个转换位点、5个颠换位点。其中外显子部分有16个，内含子部分7个，5′非编码区有1个，3′非编码区有11个。有13个SNP位点位于编码区，占总氨基酸位点的5.56%，位于839 bp的T/A颠换和1 663 bp的A/G转换是无义突变，其余11个SNP位点为有义突变。α1结构域的SNP位点分别占总碱基和总氨基酸位点的4.88%和10.98%，明显高于α2结构域的1.08%和3.22%。MHCⅡ α 基因的21个抗原结合位点（peptide binding region,PBR）中，有4个位点变异，变异率为19.05%；而nonPBR的变异率仅为8.20%（5/61）。用SPSS软件对分型成功的5个SNP位点在易感和抗病组各100尾中的基因型频率和等位基因频率进行了统计。通过卡方检验分析发现位于1 395 bp（T/A）位点的基因型频率和等位基因频率在易感和抗病组中差异极显著，位于221 bp（G/T）和1 859 bp（G/T）位点的基因型频率和等位基因频率在易感组和抗病组中差异显著。本研究结果表明团头鲂MHCⅡ α基因的多态性和抗细菌性败血症性状显著关联。

关键词：MHC基因; 抗病性状; 嗜水气单胞菌; SNP分型; 关联分析

基金资助：国家科技支撑计划项目（2012BAD26B00）； 中央高校基本科研业务费专项 (2014PY042; 2015PY134)