二倍体和四倍体泥鳅全基因组DNA甲基化的比较

来源：华中农业大学学报杂志2018年第5期北京时间：

作者：张曼曼

摘要：以二倍体和四倍体泥鳅为研究对象，采用甲基化修饰依赖性内切酶测序技术（MethylRAD-Seq）在全基因组水平上分析泥鳅的DNA甲基化特点及倍性间的DNA甲基化变异。测序结果共得到302 111 684条MethylRAD序列标签。与参考基因组比对结果显示，泥鳅的甲基化位点主要分布在基因体区（gene body），其次为内含子区（intron）和基因间区（intergenic），而在其他功能元件上的分布较少。四倍体泥鳅的整体甲基化水平比二倍体高，尤其是在第一外显子区（1st Exon）和转录起始位点上游1 500 bp至200 bp区（TSS1500），且倍性间差异极显著（P＜0.01）。但在启动子区，四倍体泥鳅的甲基化水平略低于二倍体。在二倍体和四倍体泥鳅间共筛选到1 268个差异甲基化CmCGG位点和14个差异甲基化CmCWGG位点，这些位点主要分布于内含子、基因体和基因间区。比较各基因的甲基化水平，共得到684个倍性间差异甲基化基因。KEGG分析结果显示，倍性间差异甲基化基因主要富集到与生长发育、免疫及错配修复等相关通路上。

关键词：泥鳅; 二倍体; 四倍体; DNA甲基化; MethylRAD-Seq

基金资助：国家自然科学基金项目（31472267）