基于虚拟筛选和分子动力学模拟发现SARS-CoV-2 3CLpro抑制剂

来源：化学通报杂志2025年第6期北京时间：

作者：刘晓静,未朝春,赵旭,张凤华,李飞,李行舟

单位：辽宁石油化工大学石油化工学院 ,军事医学研究院国家安全特需药品全国重点实验室

摘要：SARS-CoV-2 3CLpro作为病毒生命周期中的关键酶,是开发新型抗病毒药物的重要靶点。本研究通过Schr?dinger 2024-1软件的Phase模块,构建了SARS-CoV-2 3CLpro抑制剂的药效团模型。基于此药效团模型,对ZINC20数据库中的1030万个小分子进行了初步虚拟筛选,筛选出25689个符合药效团特征的小分子,并进一步通过分子对接和MM/GBSA计算筛选出5个优质候选化合物。200 ns的分子动力学模拟表明,这些化合物在稳定性和构象分布上表现优异,FEL分析显示其具有较高的动态稳定性。蛋白配体相互作用分析揭示,候选化合物与3CLpro形成多种非共价相互作用,增强了结合稳定性。结合自由能计算结果表明,候选化合物的结合自由能优于参考化合物显示出最佳结合亲和力和稳定性。综上所述,本研究为SARS-CoV-2 3CLpro抑制剂的设计提供了重要理论依据和候选分子。

关键词：COVID-19,SARS-CoV-2 3CLpro,药效团,分子对接,分子动力学模拟,