六价铬致肺上皮细胞恶性转化的关键基因筛选——基于GEO数据库

来源：环境与职业医学杂志 2021年第12期北京时间：

作者：刘炘, 朱勇, 徐艳琼, 张恒东, 朱宝立, 韩磊,

摘要：背景六价铬Cr(VI)能够诱导肺上皮细胞恶性转化，但其分子机制仍不十分明确。目的运用生物信息学分析方法挖掘Cr(VI)诱导肺上皮细胞恶性病变的关键基因并探讨其发生机制。方法从公共基因表达数据库（GEO）中下载与Cr(VI)毒效应相关的高通量基因表达谱数据，通过对各数据集中差异表达基因取交集获得共表达的差异表达基因；利用DAVID 6.8软件对所选择的差异表达基因进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析；采用STRING数据库和Cytoscape 3.8.2构建蛋白质相互作用集合并进行可视化分析；借助GEPIA2在线分析工具得到核心基因（Hub基因）在肺癌中的表达情况。结果筛选出GSE24025和GSE36684数据集中差异共表达的差异表达基因共234个，其中上调基因99个，下调基因135个。GO及KEGG分析结果主要富集在细胞黏附、负调节细胞增殖及转录失调等条目。基于STRING数据库生成蛋白相互作用（PPI）集合，经Cytoscape软件筛选出4个得分较高的功能模块和6个Hub基因，其中FBLN1在肺部各亚型肿瘤中的表达趋势均与表达谱筛选的结果一致。结论Cr(VI)染毒引起肺上皮细胞多个基因的差异表达，涉及细胞形态、运动、生存及与癌症相关的表型功能和信号通路受到影响。FBLN1可能是细胞恶性病变的核心基因。

关键词：六价铬, 公共基因表达数据库, 生物信息学分析, 差异表达基因, 核心基因,