水稻二化螟和三化螟基因组ddRADseq文库的构建

来源：环境昆虫学报杂志2016年第6期北京时间：

作者：杨琼，孙娜，郑敏，罗除成，罗光华，方继朝

单位：1.江苏省农业科学院植物保护研究所,2.南京农业大学植物保护学院

摘要：本文介绍了构建水稻二化螟和三化螟“双酶切限制性酶切位点关联DNA测序”（Double digest restriction-site associated DNA sequencing，ddRADseq）文库的方法。利用安捷伦2100生物分析仪对4种单酶切及2种双酶切的酶切产物片段大小及分布范围进行分析，筛选出MluCI和NlaIII两种限制性内切酶组合对螟虫基因组DNA进行酶切。酶切后的DNA片段两端连接上特定的P1、P2接头后，用Pippin Prep回收大小为285-435 bp的DNA片段。通过PCR扩增进行文库的富集并引入index序列。构建好的ddRADseq文库用琼脂糖凝胶电泳和生物分析仪进行质量检测。本方法所构建的文库DNA片段长度、分布和摩尔浓度能够达到Illumina平台测序的技术要求。本研究证实了利用 MluCI和NlaIII组合酶切构建水稻螟虫基因组ddRADseq文库的可行性，为在水稻螟虫中利用ddRADseq技术开展生物地理学、种群遗传学和系统发育重建等方面的研究奠定基础。

关键词：基因组DNA文库,ddRADseq,生物分析仪,水稻螟虫,

基金资助：国家水稻产业技术体系项目（CARS-01-25）；江苏省农业科技自主创新资金项目（CX(16)1001）；江苏省农业科学院院基金项目（6111606）