沟眶象转录组微卫星特征分析

来源：环境昆虫学报杂志2016年第5期北京时间：

作者：武政梅,高朋,温俊宝*

单位：（北京林业大学林木有害生物防治北京市重点实验室

摘要：本研究基于高通量测序获得的沟眶象 Eucryptorrhynchus chinensis（Olivier）转录组数据，采用MISA（Micro Satellite）软件对其简单序列重复（simple sequence repeat, SSR）位点进行了高通量发掘。对筛选得到的1 kb以上的Unigene（17590条，占Unigene总数的26.98%）进行了SSR分析，结果发现含SSR的序列有1665条，共发现1823个SSR，平均32.52 kb出现一个SSR。沟眶象微卫星主要以三碱基重复类型为主（637，34.94%），其次为单碱基重复（576，31.60%）。共发现104种碱基重复基元，所占比例最高的为（A/T）n（30.39%），其次为（AT/AT）n（6.91%）。沟眶象SSR的平均长度为15.74 bp，长度大于20 bp的SSR仅占总数的12.70%。研究还发现沟眶象微卫星出现的频率和其长度呈极显著负相关(P<0.01），相关系数为-0.572。研究结果为开发高多态性微卫星引物来进行沟眶象功能基因组学、种群遗传结构、种群遗传多样性等研究奠定了基础。

关键词：沟眶象,微卫星,转录组,重复类型,重复基元,

基金资助：林业公益性行业科研专项（201304412;201204501）