红螯螯虾转录组中的SSR位点信息分析

来源：湖北农业科学杂志2020年第7期北京时间：

作者：李喜莲, 郭建林, 李倩, 施伟达, 黄振远, 顾志敏

单位：农业部淡水渔业健康养殖重点实验室/浙江省淡水水产遗传育种重点实验室/浙江省淡水水产研究所,浙江 湖州313001

摘要：对红螯螯虾转录组测序数据进行分析,并开发引物通过PCR扩增和毛细管电泳检测,进行了引物多态性和通用性分析。从67 369条Unigenes中共检测到22 727个简单重复序列（SSR）位点,并对包含SSR序列的Unigenes进行功能注释。结果表明,红螯螯虾转录组中微卫星序列的类型较为丰富,其中二核苷酸和三核苷酸重复类型出现频率较多,分别占总SSR出现频率的52.67%和44.25%;四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复类型出现频率较少,分别占总SSR出现频率的2.62%、0.23%和0.24%。SSR重复类型共有68种,其重复次数的范围为5~84次。筛选出SSR引物5对,对浙江本地及台湾2个群体的60个样品进行遗传多样性分析,每对引物平均产生5.6个多态性片段。本研究结果为深入开发红螯螯虾功能性SSR标记奠定了基础,也为开展红螯螯虾分子标记辅助选育提供支持。

关键词：红螯螯虾,转录组,SSR,位点信息

基金资助：湖州市公益性应用研究项目（2016GY14）