应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析堇叶碎米荠根际土壤微生物多样性

来源：湖北农业科学杂志2020年第17期北京时间：

作者：陈菲菲1,2, 丛欣3, 向极钎1,2, 李红英1,2, 孙举志1,2, 许锋4, 薛华5

单位：1.恩施土家族苗族自治州农业科学院,湖北 恩施 445000;2.湖北省富硒产业技术研究院,湖北 恩施 445000;3.恩施德源健康科技发展有限公司,湖北 恩施 445000;4.武汉轻工大学,武汉 430023;5.国家富硒产品质量监督检验中心（湖北）,湖北 恩施 430000

摘要：以生长野生堇叶碎米荠（Cardamine violifolia O. E Schulz）的3个地区（湖北省恩施市双河镇、湖北省宜昌市五峰县、湖南省常德市石门县）的9个根际土壤样品为材料,应用 Illumina MiSeq 高通量测序技术分析其微生物群落的多样性。结果显示,来自恩施市双河镇土样S1与来自宜昌市五峰县土样S2微生物类群的一致性最高,差异较小,S1与来自常德市石门县土样S3、S2与S3土样微生物类群一致性较低。多样性指数和稀释性曲线分析得出,在9个土壤样品中,来自恩施市双河镇土样的S1.2号Shannon指数最大,Simpson指数最小;来自常德市石门县土样的S3.2号Shannon指数最小,Simpson指数最大,说明恩施市双河镇土样的群落多样性最高,常德市石门县土样的群落多样性最低。3个地区土样中占优势的菌门均为变形菌门（Proteobacteria）;共有的菌门有泉古菌门（Crenarchaeota）、酸杆菌门（Acidobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、衣原体门（Chlamydiae）、绿弯菌门（Chloroflexi）、厚壁菌门（Firmicutes）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、硝化螺旋菌门（Nitrospirae）、OD1、浮霉菌门（Planctomycetes）、变形菌门、疣微菌门（Verrucomicrobia）和WS3。

关键词：堇叶碎米荠（CardamineviolifoliaO.ESchulz）,IlluminaMiSeq高通量测序,根际土壤,微生物多样性

基金资助：国家自然科学基金项目（31560579）; 恩施州科技计划项目（E20180005）