CRISPR/Cas9技术介导猪基因组单碱基编辑效率的研究

来源：湖北农业科学杂志2020年第18期北京时间：

作者：张婷婷1,2, 陈涛2,3, 李燕莉1,2, 杨漫漫2,3, 魏强2,3, 王然2,3, 李林2,3, 李勇1,2,3

单位：1.深圳华大三生园科技有限公司,广东 深圳 518000;2.深圳市华大农业应用研究院,广东 深圳 518000;3.深圳动物基因组辅助育种工程实验室,广东 深圳 518000

摘要：利用国际上最新的两种基于CRISPR/Cas9的BE3（Cytosine base editor,CBE）和ABE7.10（Adenine base editor,ABE）单碱基修饰技术对猪基因组靶基因位点进行编辑效率的分析研究。设计、合成并构建4个猪基因组靶基因位点gRNA表达载体,分别与CBE或ABE共转染PK15细胞,继续培养48 h,结合二代测序技术测定单碱基替换效率和indels发生率。结果表明,单碱基编辑系统BE3和ABE7.10对猪基因组靶位点碱基修饰的活性编辑窗口主要分别为5个核苷酸和4个核苷酸;两套单碱基编辑系统主要对编辑窗口内的目标碱基进行单碱基转换而非indel;两套单碱基编辑系统对猪基因组碱基置换有一定偏好性,其中CMAH、MC1R（1-2）、MC1R（2-1）基因编辑窗口内C→T的效率分别为2.2%、0.4%和1.3%;猪GGTA、MSTN-2窗口内A→G的效率分别为1.4%、1.4%。表明单碱基编辑系统BE3和ABE7.10均能够对猪细胞的基因组靶位点序列进行有效的单碱基置换。

关键词：猪,单碱基编辑,CRISPR/Cas9,BE3,ABE7.10

基金资助：大鹏新区产业发展专项资金项目（KY20160305）; 深圳市卫计委医疗卫生“三名工程”（SZSM201512003）; 深圳市基因组辅助育种工程实验室提升项目