基于16S rDNA分析湖北半夏内生菌群结构及代谢功能

来源：湖北农业科学杂志2021年第23期北京时间：

作者：王帆帆, 唐涛, 郭杰, 段媛媛, 郭晓亮, 游景茂

单位：湖北省农业科学院中药材研究所,湖北 恩施 445000

摘要：为探究湖北半夏（Pinellia ternate）内生细菌的多样性、丰度及菌群功能,随机采集半夏植株样品,提取内生细菌基因组DNA,通过PCR扩增获得16S rDNA V3~V4片段。采用IlluminaMiSeq高通量测序技术分析半夏植株中的内生细菌菌群结构,共获得有效序列39 537条和用于物种分类的OTU数681条,包括6门、10纲、23目、29科、45属、26种的细菌。菌落多样性分析表明,湖北半夏内生细菌在门水平上,优势菌群为Proteobacteria,科水平上,Mitochondria和Pseudomonadaceae为优势菌群。功能预测结果表明,湖北半夏内生细菌编码的大多数基因与代谢相关,其次是基因信息处理、环境信息处理。

关键词：半夏（Pinelliaternate）,内生细菌,多样性,菌群功能

基金资助：湖北省重点研发计划项目（2020BCA059）; 湖北省农业科技创新中心2020年重大科技研发项目（2020-620-000-002-04）; 国家中药材产业技术体系（CARS-21）; 湖北省重点研发项目（2020BBB135）