决明苯丙氨酸解氨酶（PAL）基因家族的全基因组分析

来源：湖北农业科学杂志2023年第6期北京时间：

作者：赵咏洋, 陈维嘉, 丁静峰, 敖以恒, 冯傲, 周嘉裕

单位：西南交通大学生命科学与工程学院,成都 610031

摘要：利用HMMER、Pfam与SMART等工具,从决明（Senna tora）等不同物种中筛选获得26条PAL（苯丙氨酸解氨酶）序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,决明PAL基因家族的基本特征在单双子叶植物分离之前就已形成,且6个PAL成员被分为3个亚类。决明PAL基因家族成员的二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成;含有较高的Ala、Ser和Leu残基;存在16种不同的保守基序,其中motif12（含有催化关键序列Ala-Ser-Gly）在所有PAL成员中均出现;启动子区含有较多的光反应、植物激素响应与逆境胁迫响应元件。进一步的GO、转录组与Pearson分析也强化了以上分析结果,即决明PAL基因家族成员多集中在叶、茎和花等易感受光的组织,参与抗旱与抗菌等生物学过程呈现多样化的特点。以上分析结果将为决明PAL基因的后续功能研究及抗逆功能基因筛选提供理论基础。

关键词：决明（Sennatora）,丙氨酸解氨酶（PAL）,基因家族,生物信息学

基金资助：国家自然科学基金青年科学基金项目（31500276）; 四川省中医药管理局项目（2021MS116）; 中央高校基本科研业务费医工结合项目（2682021ZTPY017）; 国家级大学生创新创业训练计划资助项目（202110613083）; 西南交通大学个性化实验项目（GX20211600310001）