水禽细小病毒选择压力与基因重组分析

来源：湖北农业科学杂志2023年第11期北京时间：

作者：汪宏才, 商雨, 郭云清, 曾哲, 张蓉蓉, 温国元, 罗青平

单位：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所/农业农村部畜禽细菌病防治制剂创制重点实验室/动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室,武汉 430064

摘要：通过对临床水禽细小病毒进行PCR检测、基因组测序和进化分析,确定分离毒株的基因型。进一步通过Paml、RDP软件对分离株的基因组进行选择压力和基因重组分析,确定分离株的演化趋势。结果表明,分离的3株水禽细小病毒均属于新型鹅细小病毒,分别命名为YiCH株、AnQ株和XiY株,基因组长度分别为5 056、5 056、5 068 bp。3个分离株与新型鹅细小病毒M15株亲源关系最近,其中XiY株两端ITR区域191~196位、4 878~4 883位均有6个碱基插入。对分离株进行选择压力分析,分离株VP蛋白检测出3个正选择位点,分别为116Q、261A、485S。重组分析显示,分离株YiCH株和AnQ株都存在重组现象,以XiY株为主要亲本株、GPV 06-0329株为次要亲本株重组而成。

关键词：水禽细小病毒,新型鹅细小病毒,分离鉴定,选择压力,基因重组

基金资助：国家现代农业产业技术体系专项资金项目（CARS-41-G13）; 湖北省农业科技创新中心项目（2019-620-000-001-017）