不同产蛋数岩鸽卵巢转录组的SNP分析

来源：湖北农业科学杂志2024年第4期北京时间：

作者：毛楠楠1,2, 孙勇胜1,2, 陈辉1,2, 周荣艳1,2, 籍颖1

单位：1.河北农业大学动物科技学院,河北 保定 071001; 2.河北省肉鸽产业技术研究院,河北 阜平 073299

摘要：为探索岩鸽（Columba livia）产蛋数相关基因及其遗传标记,利用STAR对高产蛋数和低产蛋数岩鸽卵巢组织转录组数据高质量序列与参考基因组进行比对,去除重复序列后利用GATK进行单核苷酸多态性（SNP）筛选,利用VCFtools对SNP质控后进行主成分分析、进化树构建和Fst计算,利用KEGG富集分析SNP所在基因。结果显示,高产蛋组共有SNP数为298 957个,低产蛋组共有SNP数为296 137个,高产蛋组、低产蛋组共有SNP数为254 118个,KEGG分析结果发现,SNP所在基因显著富集在孕酮调节的卵母细胞成熟、卵母细胞减数分裂和代谢等信号通路;高产蛋组和低产蛋组的102个特异SNP分布在14个注释基因上（LOC110357454、KDM5A、PIGS、BNC2、GBF1、SLAIN2、FGD4、DIAPH2、KIF3B、NFIB、EPG5、OSTF1、EMB、ST3GAL3）,且富集的信号通路可能与其产蛋能力密切相关。

关键词：岩鸽（Columbalivia）,卵巢转录组,SNP,产蛋数

基金资助：河北省农业农村厅畜禽育种创新能力提升基金资助项目; 河北省现代农业产业技术体系创新团队蛋鸡肉鸡良繁体系与品种培育岗位基金资助项目（HBCT2023210205）