金沙鲈鲤全长转录组测序分析与抗菌肽基因的鉴定

来源：湖北农业科学杂志2025年第3期北京时间：

作者：朱思艺1, 邓龙君2, 李天才2, 张扬2, 郭勇垚1, 罗伟1, 杜宗君1

单位：1.四川农业大学动物科技学院,成都 611130;2.雅砻江流域水电开发有限公司,成都 610051

摘要：为进一步丰富金沙鲈鲤(Percocypris pingi)基因信息数据库,采用PacBio测序平台对金沙鲈鲤进行全长转录组测序。共获得499 007个全长非嵌合序列（Full-length non-chimeric read,FLNC）,通过聚类和去冗余获得70 321个isoforms,isoforms的平均长度和N50分别为1 882 bp、2 243 bp。将isoforms与NR、GO、KEGG、KOG和Swiss-Prot 5个公共数据库进行比对,成功注释了57 521个isoforms,并鉴定到 2 310个TF、16 225个LncRNA和35 314条CDS。鉴定到5个抗菌肽基因,包括2个hepcidin基因和3个hemoglobin基因。金沙鲈鲤的hepcidin-1、hepcidin-2与多鳞白甲鱼(Onychostoma macrolepis)的hepcidin亲缘关系较近;金沙鲈鲤的hemoglobin-1α与斑马鱼(Danio rerio)的hemoglobin α亲缘关系较近;金沙鲈鲤的hemoglobin-1β与斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)的hemoglobin 1β、hemoglobin 2β亲缘关系较近;hemoglobin-2β与多鳞白甲鱼的hemoglobin 2β亲缘关系较近。通过对金沙鲈鲤全长转录组的注释分析,阐明了金沙鲈鲤基因参与的生物过程、所在的代谢途径或信号通路等,可以更有效地探究抗菌肽在鱼类免疫中的作用。

关键词：金沙鲈鲤(Percocyprispingi),全长转录组,测序,抗菌肽基因,鉴定

基金资助：四川省科技支撑计划项目（2021YFYZ0015）; 雅砻江主要经济鱼类及保护性鱼类种群动态研究项目（YLDC-ZBA-2019104）