野桑蚕全长转录组测序及生物信息学分析

来源：湖北农业科学杂志2025年第6期北京时间：

作者：孟刚, 王瑞娴, 楚渠, 彭云武, 杨金宏, 陈安利, 张笙源, 凌君

单位：安康学院陕西省蚕桑重点实验室,陕西 安康 725000

摘要：采用二代测序（Illumina RNA-Seq）校正三代测序（PacBio ISO-Seq）的方法对野桑蚕（Bombyx mandarina）进行全长转录组测序,探究野桑蚕蛹不同滞育期的基因表达特征,深入探索基因组功能信息。通过测序和组装共获得93 616个全长转录本,其序列长度为327~33 273 bp,平均长度为2 631 bp,N50为3 204 bp。通过整合COG、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss Prot、eggNOG和NR功能数据库的注释结果,共获得82 796个功能注释基因。利用全长转录本数据,共鉴定出17 189个lncRNA、87 921个SSR分子标记及49 432个开放阅读框（ORF）;ORF编码蛋白的长度为0~1 522 aa,平均长度为305 aa。通过对野桑蚕蛹不同滞育期的基因表达情况进行分析,共获得差异表达基因5 780个,其中2 269个差异表达基因获得GO注释,1 590个差异表达基因获得KEGG注释。

关键词：野桑蚕（Bombyxmandarina）,全长转录组,测序,生物信息学分析

基金资助：陕西省重点研发计划项目（2023-JC-YB-206）; 陕西省教育厅重点科学研究计划项目（20JS002）; 家蚕基因组生物学国家重点实验室开放课题（SKLSQB1819-4）