陆地棉GhZIP基因家族全基因组分析

来源：华北农学报杂志2015年第6期北京时间：

作者：倪万潮, 巩元勇, 徐珍珍, 郭书巧, 束红梅, 蒋璐

单位：江苏省农业科学院, 农业部长江下游棉花和油菜重点实验室, 江苏 南京 210014

摘要：ZIP 基因家族是生物体内非常重要的一类金属阳离子转运蛋白基因家族,通过对陆地棉基因组的全面分析和鉴定,获得GhZIP 基因家族系统性的生物学信息.运用比较基因组学的方法,从陆地棉异源四倍体标准系TM-1基因组数据库中鉴定出45个GhZIP 基因,这些基因分布在除了A04、A09、D04和D09号亚基因组以外的22个亚基因组,D亚组比A亚组多5个GhZIP 基因,有16对基因在A亚组和相对的D亚组上存在一一对应关系.有44个GhZIP 基因具有跨膜结构,其中有36个GhZIP 基因的跨膜结构域是6~9个,具有His富集区序列并位于膜内侧可变区的有20个GhZIP 基因,只有1个GhZIP 基因亚细胞定位不在细胞质膜.对NCBI 中陆地棉的EST数据库做比对统计,有21个GhZIP 基因没有可匹配的EST序列,其他24个GhZIP 基因在棉花的根、茎、叶、花、胚珠、纤维等组织中广泛表达,其中有18个基因在根和/或茎中表达.研究结果为GhZIP 基因的克隆和功能研究提供了理论基础.

关键词：棉花,陆地棉基因组,<em>GhZIP</em> 基因,

基金资助：国家自然科学基金项目(31301682);江苏省农业科技自主创新基金项目(CX(14)5009);国家转基因重大专项(2013ZX08005)