烟台黑猪SLA-DQA基因编码区多态性及生物信息学分析

来源：华北农学报杂志2016年第5期北京时间：

作者：黄晓宇, 袁军虎, 杨巧丽, 马艳萍, 滚双宝

单位：1. 甘肃农业大学 动物科学技术学院, 甘肃 兰州 730070;；2. 河南省漯河市畜牧局, 河南 漯河 462000;；3. 甘肃省现代养猪工程技术研究中心, 甘肃 兰州 730070

摘要：采用PCR-SSCP、克隆测序和生物信息学等方法对烟台黑猪SLA-DQA基因多态性进行研究，预测其蛋白质结构并分析其功能特征。结果显示：SLA-DQA基因exon 2、exon 3、exon 4分别检测出4种等位基因，5种基因型、6种等位基因，8种基因型、4种等位基因，7种基因型，包括3种新等位基因。SLA-DQA基因共编码255个氨基酸，编码区共发现32个核苷酸突变和13个氨基酸变异，exon 2多态性最为丰富。蛋白质结构预测结果显示二级结构中无规则卷曲和延伸链比例最高，α螺旋数量多且集中，β折叠最少。功能预测结果显示，SLA-DQA基因蛋白质在能量代谢、结构蛋白和生长因子等方面几率较高。本研究结果可为SLA-DQA基因在猪抗病分子育种中的应用提供理论依据。

关键词：烟台黑猪,<em>SLA-DQA</em>基因,编码区,多态性,蛋白质结构,

基金资助：DQA和DRA基因与仔猪腹泻死亡的分子标记技术项目（GNSW-2008-04）；高繁殖力猪新品系选育研究项目（092NKDA036）；甘肃省优质猪肉生产配套技术研究与示范项目（0804NKCA065）