ssc-miR-486靶基因预测及生物信息学分析

来源：华北农学报杂志2016年第5期北京时间：

作者：张秀秀, 黄万龙, 郭云涛, 苗向阳

单位：中国农业科学院 北京畜牧兽医研究所, 北京 100193

摘要：通过对ssc-miR-486进行靶基因预测及生物信息学分析，以探索其影响猪脂肪沉积的作用机制。首先利用实时荧光定量PCR技术对脂肪沉积能力相差较大的莱芜猪和大白猪皮下脂肪组织中ssc-miR-486表达情况进行比较研究，然后利用miRBase、Ensembl、NCBI等数据库及miRanda、PITA、RNAhybrid、Cytoscape、JASPAR、Promoter Scan等软件对ssc-miR-486进行生物信息学分析，包括保守性分析、转录因子结合位点预测、靶基因预测、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果表明，ssc-miR-486在脂肪沉积能力较强的莱芜猪皮下脂肪组织中发生显著上调。生物信息学分析结果发现，miR-486在各物种间非常保守，ssc-miR-486启动子区域有SREBP1、SREBP2等多个转录因子结合位点，获得的229个靶基因显著富集于脂质代谢、脂质生物合成、细胞代谢等生物学过程及类固醇生物合成、磷脂肌醇代谢、PPAR等信号转导通路中。结果表明，ssc-miR-486参与了猪脂肪沉积或脂肪代谢的调控，为今后研究脂肪沉积提供基础理论支撑。

关键词：ssc-miR-486,生物信息学,脂肪沉积,猪,

基金资助：转基因生物新品种培育科技重大专项（2009ZX08008-004B；2008ZX08008-003）；国家“863”计划项目（2008AA10Z140）；国家自然科学基金项目（30571339）；中国农业科学院农业科技创新项目（ASTIP-IAS05）；国家重点基础研究发展计划（“973”计划项目）（2015CB943100）；中国农业科学院创新基金项目（2004-院-1）；中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目（2013ywf-yb-5；