烟台黑猪SLA-DRA基因编码区多态性及生物信息学分析

来源：华北农学报杂志2017年第1期北京时间：

作者：黄晓宇, 袁军虎, 杨巧丽, 马艳萍, 滚双宝

单位：1. 甘肃农业大学 动物科学技术学院, 甘肃 兰州 730070;；2. 河南省漯河市畜牧局, 河南 漯河 462000;；3. 甘肃省现代养猪工程技术研究中心, 甘肃 兰州 730070

摘要：为了探究烟台黑猪SLA-DRA基因多态性，预测其蛋白质的结构并分析功能特征，采用PCR-SSCP、克隆测序和生物信息学等方法对SLA-DRA基因4个外显子的多态性、蛋白质的理化性质、结构域、蛋白质的空间结构和功能进行了预测和分析。结果显示：SLA-DRA基因exon 1、exon 2和exon 4共检测到11个SNPs，导致7个氨基酸发生变异，exon 3没有突变产生，exon 4的多态性最丰富。SLA-DRA基因编码区759 bp核苷酸共编码252个氨基酸和1个终止子。SLA-DRA基因蛋白质是一种偏酸性、不稳定、亲水性蛋白质，其二级结构是混合型，其中无规则卷曲最多。该蛋白质含有2个免疫球蛋白结合域、2个N-糖基化位点和10个磷酸化位点。功能分析显示：SLA-DRA基因蛋白质在信号转导、受体、胁迫应答、免疫应答、生长因子等方面的几率均较高。研究结果可为猪的抗病分子育种候选基因筛选提供理论依据。

关键词：<em>SLA-DRA</em>基因,烟台黑猪,编码区,多态性,蛋白质结构,分子进化树,

基金资助：甘肃省农牧厅生物技术专项（GNSW-2008-04）；甘肃省科技重大专项（092NKDA036）；甘肃省科技支撑计划项目（0804NKCA065）；国家自然基金项目（31660646）