水稻垩白基因Chalk5功能标记的开发与应用

来源：华北农学报杂志2017年第1期北京时间：

作者：朱金燕, 王晴晴, 王军, 范方军, 李文奇, 王芳权, 王绪鹏, 仲维功, 杨杰

单位：1. 江苏省农业科学院 粮食作物研究所, 国家水稻改良中心南京分中心, 江苏 南京 210014;；2. 扬州大学 江苏省粮食作物现代产业技术协同创新中心, 江苏 扬州 225009;；3. 苏州农业职业技术学院, 江苏 苏州 215008;；4. 扬州大学 生物科学与技术学院, 江苏 扬州 225009

摘要：水稻垩白是衡量水稻外观品质优劣的重要指标之一，降低稻米的垩白是培育优质水稻品种的前提。Chalk5是一个能显著降低稻米垩白从而提高稻米外观品质的主效基因。为提高垩白基因Chalk5在育种中的选择效率，在前人克隆的基础上，根据其启动子区域存在的2个功能突变位点，分别设计等位基因特异PCR（ARMS-PCR）引物，最终筛选出2对Chalk5基因的功能标记Chalk12、NChalk12和Chalk22、NChalk22，通过PCR产物测序的方法对这2对标记的检查结果进行了验证，说明Chalk12、NChalk12和Chalk22、NChalk22可以准确鉴定出Chalk5的不同基因型。利用该标记对不同来源的43份籼稻资源、江苏2007-2013年审定的65份粳稻品种和太湖流域179份粳稻地方资源进行了Chalk5基因型检测，筛选到携带chalk5低垩白率等位基因的籼稻资源20份，太湖流域粳稻地方资源仅8份，其余259份粳型资源中均不携带chalk5低垩白率等位基因，这也说明chalk5主要分布在籼型水稻资源中，在粳型资源中分布很少。

关键词：水稻,垩白,<em>Chalk5</em>,等位基因特异PCR,功能标记Q78,

基金资助：国家自然科学基金项目（31400175）；江苏省自然科学基金项目（BK20130725）；江苏省现代农业研发项目（BE2015355）；江苏科技成果转化资金（BA2014134）；公益性行业科研专项（201303102）；扬州市农业前瞻性研究项目（YZ2014165）