《华北农学报杂志》发表论文赏析
作者:吴月燕, 明萌, 何静雯, 卢丹, 沈梓力, 邱甜, 吴燕燕, 谢晓鸿
单位:1. 浙江万里学院 生物与环境学院, 浙江 宁波 315100;;2. 上海海洋大学 水产与生命学院, 上海 201306
摘要:为探索杜鹃抗寒的分子机制,筛选抗寒相关基因,利用人工模拟低温,以杜鹃杂交后代优良株系繁景-6℃(T)处理和25℃(CK)对照为试验材料,进行转录组测序和数据从头组装及生物信息学分析,通过组装得到Unigenes序列122 654个,功能注释结果显示,有大量Unigenes可以注释到基因本体(GO)和蛋白质直系同源数据库(COG)等数据库上,部分Unigenes无匹配信息,可能为杜鹃特有的基因序列。按GO功能分类,繁景杜鹃中的Unigenes分为细胞组分、分子功能以及生物学过程3类,包括51个分支,其中有大量的Unigenes与代谢进程、催化活性和细胞进程相关。上调差异表达基因有6 347个,下调差异表达基因4 482个。通过对转录结果中差异表达显著的4个转录因子家族中的24个基因,其中,上调12个,下调12个,在低温胁迫下的表达水平验证,发现其与转录结果基本一致,证明该转录组数据可靠。
关键词:杜鹃,低温胁迫,转录组,抗寒基因,
基金资助:浙江省重中之重学科“生物工程”开放基金项目(KF2015008);宁波市重大科技专项(2014C11002)