金鱼密码子用法特点分析

来源：华北农学报杂志2017年第S1期北京时间：

作者：张欣, 尤宏争, 李荣妮, 朱莉飞, 李文通, 梁拥军, 史东杰, 孙砚胜

单位：1. 北京市水产科学研究所, 北京 100068;；2. 天津市水产研究所, 天津 300221

摘要：不同物种间的同义密码子使用偏性存在差异，开展密码子偏好性研究可深入了解基因表达特征，为分子育种提供依据。利用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术获得金鱼的转录组数据，筛选符合条件的编码基因序列（Coding DNAsequence，简称CDS），并通过CodonW软件和CUSP程序对金鱼蛋白质编码基因序列进行了分析，获得编码氨基酸的密码子使用频率，并与人、酵母、大肠杆菌、果蝇、斑马鱼等不同种类的模式生物进行比较。结果表明，金鱼8 143个基因在64个密码子中有28种偏爱密码子，有效密码子数为54.9，3个位置的平均GC含量为0.509，第3位密码子GC百分含量为0.564，金鱼偏向使用G或C结尾的密码子。金鱼密码子偏好性与模式生物有不同程度的差异，与酵母密码子使用频率差异最大，与斑马鱼的密码子偏好性一致。

关键词：金鱼,密码子,密码子偏好性,GC含量,

基金资助：北京市自然科学基金项目（8152017）；公益性行业（农业）科研专项（201503108）；北京市农林科学院所级科技创新团队建设（JNKST201616）；农业部都市农业（北方）重点实验室（99124120）