甜菜MADS-box家族基因的全基因组鉴定及进化分析

来源：华北农学报杂志2018年第1期北京时间：

作者：孔维龙, 张康达, 吴俊池, 张丽平, 潘辉, 唐嘉蔚, 傅小鹏

单位：1. 华中农业大学 园艺林学学院, 园艺植物生物学教育部重点实验室, 农业部华中都市农业重点实验室, 湖北 武汉 430070;；2. 北京百迈客生物科技有限公司, 北京 101300

摘要：为了进一步了解MADS-box家族基因的功能，利用生物信息学的手段，首次对甜菜MADS-box基因进行了全基因组的鉴定，并对其染色体定位、系统发生关系、基因结构、保守元件、表达模式以及蛋白功能联系进行预测和分析。结果表明，甜菜MADS-box基因共34个成员，其中，type Ⅰ成员7个和type Ⅱ成员27个，type Ⅰ进一步分为Mα（3）、Mβ（1）、Mγ（3）3个组；type Ⅱ进一步分为MIKCC（22）和MIKC*（5）2个组，MIKCC组可进一步分为AG （2）、AGL12（2）、AP3-PI （4）、Bs （2）、SOC1（1）、SVP （1）、SEP （3）、AGL17（5）、AP1-FUL （1）和FLC （1）10个亚组。MADS-box家族基因在染色体上呈不均匀分布，同一染色体上的基因簇状分布，其中，第6号染色体上分布最多，在第7号染色体上没有分布。甜菜MADS-box家族基因虽然基因结构差别较大，但蛋白序列相对保守。基因表达谱显示，大部分MADS-box基因优势表达于分生组织，部分MADS-box基因在种子、直根、幼叶等组织亦有较高表达。部分MADS-box基因响应盐、热胁迫轻微上调，可能参与甜菜逆境生理调控。

关键词：甜菜,MADS-box,全基因组,家族基因,

基金资助：华中农业大学大学生科技创新基金（SRF）项目（2017160）；国家自然科学基金项目（31000918）；中央高校基本科研业务费专项（2662015PY052；2662016PY041）