甘肃黑猪H-FABP基因多态性筛查及蛋白功能预测

来源：华北农学报杂志2018年第4期北京时间：

作者：张丽, 刘丽霞, 农伟伦, 李慧洁, 张国华, 卢建雄

单位：西北民族大学 生命科学与工程学院, 甘肃 兰州 730124

摘要：为了明确甘肃黑猪H-FABP基因的遗传特征，采用DNA池结合直接测序技术快速筛查甘肃黑猪H-FABP基因遗传多态性，并利用生物信息学方法预测其编码氨基酸的理化性质及蛋白功能。结果显示，甘肃黑猪H-FABP基因在扩增区域共发现4个突变位点，分别为C734T-Intron1、T152C-Exon2、G30A-Intron2、T121G-Intron2，各等位基因频率在突变前后存在明显差异；该基因编码区全长402 bp，共编码133个氨基酸残基，其中，编码区序列有1个T152C-Exon2的错义突变，氨基酸由原来非极性的异亮氨酸（Ile）转变为极性的苏氨酸（Thr）；H-FABP编码蛋白是一种稳定的亲水性蛋白，二、三级结构均为混合型，β-折叠所占比例最高。蛋白质功能预测结果显示，甘肃黑猪H-FABP编码蛋白存在19个潜在磷酸化位点和1个N-糖基化位点，可能会影响H-FABP基因调控肌内脂肪含量的增加。同源性比较和系统发育树分析表明，甘肃黑猪与偶蹄目动物亲缘关系最近。研究结果可为甘肃黑猪肌内脂肪含量沉积的分子遗传标记提供理论基础，该基因的多态性筛选已成为家畜肉质性状改良的分子研究热点。

关键词：甘肃黑猪,H-FABP基因,DNA池,单核苷酸多态性,生物信息学,

基金资助：国家自然科学基金项目（31460589；31560639）；西北民族大学实验室开放项目（SYSKF-2018155）