河南省猪流行性腹泻病毒S和ORF3基因的克隆与序列分析

来源：华北农学报杂志2018年第4期北京时间：

作者：赵丽, 韩昊莹, 张鸿鑫, 卢婷婷, 王文静, 陈红英

单位：1. 河南牧业经济学院, 河南 郑州 450011;；2. 河南农业大学 牧医工程学院, 河南 郑州 450002;；3. 郑州市猪重大疫病防控重点实验室, 河南 郑州 450002

摘要：为了分析河南省猪流行性腹泻病毒（PEDV）毒株S和ORF3基因变异情况，于2015年1-12月收集河南省规模化猪场的150份PED疑似病料利用RT-PCR方法进行S和ORF3基因检测，共扩增到15株PEDV的S和ORF3基因，回收纯化PCR产物克隆至T载体，并进行序列分析，结果显示，15株S基因与CV777相比，核苷酸同源性为93.6%～93.9%，氨基酸同源性为92.2%～93.1%，而且存在不同碱基插入和缺失；ORF3基因与CV777相比，核苷酸同源性为97.7%～100%，氨基酸同源性为93.7%～100%，与疫苗毒株相比，不存在氨基酸的缺失现象。进化树分析基于S基因扩增的15株独立成群，与其他参考毒株亲缘较远；基于ORF3基因扩增的15个毒株与国内分离株、美国株及韩国株均有较近的亲缘关系，与经典毒株CV777株亲缘关系较远。对于S和ORF3基因在整个进化关系中，试验中的15个河南株均相对独立成群，与经典毒株CV777及国内所使用的疫苗株，亲缘关系较远，15株河南株的S和ORF3基因存在基因变异，为河南省PED的分子流行病学研究和防控提供技术支持。

关键词：河南省,猪流行性腹泻病毒,S和ORF3基因,序列分析,

基金资助：河南省科技攻关计划项目（172102110040；15210211009）；河南省产学研合作项目（132107000002；152107000003）