基于转录组筛选肉牛骨骼肌差异基因

来源：华北农学报杂志2018年第S1期北京时间：

作者：刘瑞莉, 吴磊, 袁玮, 柏学进, 吕娟娟, 董雅娟

单位：1. 青岛农业大学 动物胚胎工程中心, 山东 青岛 266109;；2. 山东省黑牛繁育工程技术研究中心, 山东 青岛 266109;；3. 山东布莱凯特黑牛科技股份有限公司, 山东 淄博 256306

摘要：旨在基于转录组筛选肉牛骨骼肌差异基因，探究差异基因对骨骼肌转录调控的影响，鉴定其与肌肉生长发育的关系，为研究骨骼肌生长发育的分子机制提供理论依据。采取12月龄的布莱凯特黑牛和鲁西黄牛背最长肌，利用Illumina 2500进行转录组测序，通过综合生物信息学分析（差异基因筛选、GO分类、KEGG富集分析和蛋白互作网络等）筛选骨骼肌差异的调控基因。布莱凯特黑牛和鲁西黄牛2个文库分别存在13 242，13 350个基因，共计13 758个基因。5 500个基因表达量相同，约占总参考基因的39.98%，8 258个基因表达量有所不同，占比60.02%。获得554个差异显著的基因作为差异表达基因，其中296个基因表达上调，258个基因表达下调。GO功能注释结果显示，生物学过程、细胞组分和分子功能分别包括22 641，7 720和4 414个基因，其中29个基因与肌细胞的发育和分化有关；KEGG富集到Wnt、CMC、TGF-β、DCM、ROAC、VSMC 6条肌肉生长发育相关通路，筛选骨骼肌候选基因MYL2、MYL3和MYLPF。MYL2、MYL3和MYLPF是Wnt、DMC和TGF-β信号通路中的成员，参与了肌细胞和肌肉组织的形成的过程，推测MYL2、MYL3和MYLPF在骨骼肌生长发育过程中发挥重要作用。

关键词：布莱凯特黑牛,鲁西黄牛,转录组,骨骼肌,

基金资助：山东省现代农业产业技术体系牛产业创新团队建设（668/2216030）