雪菜BjSnRK2C基因的克隆及生物信息学分析

来源：华北农学报杂志2018年第6期北京时间：

作者：张春兰, 满丽莉, 向殿军, 李旭新, 包乌日娜, 刘鹏

单位：1. 内蒙古民族大学 生命科学学院, 内蒙古 通辽 028042;；2. 内蒙古民族大学 农学院, 内蒙古 通辽 028042

摘要：SnRK2家族基因编码植物体内一类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，是ABA通路中影响植物抗逆能力的关键调控基因。基于SnRK2成员cDNA的保守区序列信息，利用RT-PCR与SON-PCR相结合的方法从雪菜中克隆了一个SnRK2全长cDNA序列，命名为BjSnRK2C。测序结果显示，该cDNA序列全长1 380 bp，包含一个137 bp的3'-非翻译区，一个214 bp的5'-非翻译区，一个1 029 bp的完整开放阅读框，编码342个氨基酸，在GenBank数据库的登录号为MF983711。BjSnRK2C蛋白激酶理论分子量为38.2 ku，理论等电点为5.61，属于亲水性蛋白，存在2个显著跨膜结构域，含有30处磷酸化位点，没有信号肽，最可能定位的位置是在细胞质上。BjSnRK2C蛋白激酶的二级结构具有130个α-螺旋、126个无规则卷曲、59个延伸链和27个β-转角。BjSnRK2C蛋白包含1个丝氨酸/苏氨酸酶活性结构域和1个ATP结合位点，同拟南芥AtSnRK2.8蛋白激酶亲缘关系最近，处在同一进化分枝。雪菜BjSnRK2C蛋白激酶的三级结构与拟南芥AtSnRK2.8蛋白激酶极为相似，推测它们具有类似的功能。BjSnRK2C蛋白激酶的C末端仅含有结构域Ⅰ，缺少结构域Ⅱ，暗示雪菜BjSnRK2C基因在参与非生物胁迫过程中很可能也是不依赖ABA调控通路的。研究结果可为今后深入研究BjSnRK2C功能奠定理论基础。

关键词：雪菜,<em>BjSnRK2C</em>基因,克隆,生物信息学,

基金资助：国家自然基金项目（31860389）；内蒙古自治区自然科学基金项目（2018MS03057）；内蒙古民族大学博士科研启动基金项目（BS404）；内蒙古自治区饲用作物工程技术研究中心开放课题（MDK2017004；MDK2018033）