西藏特色牦牛mtDNA ND1遗传多样性及系统进化分析

来源：华北农学报杂志2023年第6期北京时间：

作者：者玉琦, 柴志欣, 武志娟, 姜辉, 钟金城, 信金伟

单位：1 青藏高原动物遗传资源保护与利用四川省重点实验室,四川 成都 610225；2 西藏自治区农牧科学院 畜牧兽医研究所,省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室,西藏 拉萨 850000；3 四川省青藏高原草食家畜工程技术中心,四川 成都 610225

摘要：旨在通过mtDNA ND1探究6个西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系,为西藏牦牛的遗传多样性、历史演化以及遗传资源保护与利用等提供理论依据。利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛6个群体共95头个体ND1基因蛋白质编码区(CDS)序列,利用DNAMAN、DNASP 5.1、Mega 7.0、Arlequin 3.5.2等软件分析其序列多态性、单倍型多样性、遗传距离等,并构建单倍型网络图及系统发育树。结果表明,西藏牦牛群体ND1基因CDS区序列长度均为956 bp,共检测获得78个变异位点和16种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)及核苷酸多样性(Pi)分别为0.670和0.004 21,Tajima's D均为负值;根据群体遗传差异的分子方差分析可知,西藏牦牛群体内的变异程度大于群体间变异;斯布牦牛与嘉黎牦牛之间的分化程度较大,其余大部分群体间的分化程度为中等或较弱。此外,通过聚类分析发现,类乌齐牦牛单独聚为一类,而嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛先聚为一类,然后再与帕里牦牛聚为一大类;16种单倍型可分为2个聚类簇,说明西藏牦牛可能存在2个母系起源;与其他牛种进行聚类分析,发现家牦牛、爪哇野牛和普通牛可能是西藏牦牛的混合母系起源。西藏牦牛遗传多样性十分丰富,其中类乌齐牦牛遗传多样性最丰富,6个牦牛群体存在2个母系起源。

关键词：西藏牦牛,<i>ND1</i>基因,遗传多样性,系统进化,遗传分化,

基金资助：西南民族大学研究生创新型科研项目(ZD2023385); 西藏自治区重大科技专项(XZ202101ZD0002N-01)