大竹蛏高通量转录组测序数据组装和分析

来源：大连海洋大学学报杂志2017年第6期北京时间：

作者：聂鸿涛, 姜力文, 郑梦鸽, 李东东, 闫喜武

单位：1.大连海洋大学水产与生命学院，辽宁大连116023；2.辽宁省贝类良种繁育工程技术研究中心，辽宁大连116023

摘要：为进一步开发大竹蛏Solen grandis的基因资源，采用2代Illumina Hi－seq测序技术对大竹蛏的鳃组织进行了转录组测序，构建了转录组数据库，获得338 483 476条Clean Reads数据；拼接组装后获得190 856条Unigene数据，平均长度为1147 bp；与NR、NT、KO、SwissProt、PFAM、GO、KOG等数据库进行Blast信息比对 (E－value为10－5)，共获得63 337个注释基因；与NR数据库比对发现，大竹蛏转录组基因序列与长牡蛎Crassostrea gigas具有较高的同源性，为53.3%；将大竹蛏转录组的Unigene的功能通过与KOG数据库进行注释比对划分为25类；GO数据库注释可分为三类，即细胞组分、生物过程和分子功能，共包括65个分支；KEGG分析发现，大竹蛏转录组数据中按照代谢通路可分为92类，利用Blast蛋白库比对和Estscan软件进行ORF预测，获得长度大于300 nt的ORF共50 681个；通过SSR分析，共获得73 089个SSR标记。本研究中获得的转录组信息可为今后进行大竹蛏分子标记的开发和关键基因的克隆及功能分析等研究提供基础数据。

关键词：大竹蛏,转录组,高通量测序,生物信息学分析

基金资助：现代农业产业技术体系建设专项 (CARS－48)；辽宁省农业领域青年科技创新人才项目 (2014004)；大连市科技计划项目(2014B11NC092，2016RQ065)