基于16S rRNA高通量测序的鳢肠道微生物群落结构研究

来源：大连海洋大学学报杂志2020年第5期北京时间：

作者：徐晟云, 陈昆慈, 罗青, 刘海洋, 欧密, 上官清, 赵建

单位：1.中国水产科学研究院珠江水产研究所 农业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室，广东 广州 510380； 2.上海海洋大学 水产与生命学院，上海 201306

摘要：为探究鳢肠道微生物与鳢健康养殖间的关系，采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术对不同养殖环境中成年健康乌斑杂交鳢Channaargus♀×Channamaculata♂(体质量100～150 g)及野生斑鳢(体质量50～100 g)肠道内容物进行微生物测序及信息分析。结果表明：不同环境(珠海斗门DM，佛山南海BRCT、BRSNC，佛山顺德杏坛XT，阳江YJ)鳢肠道内容物共31个样品间OTU数具有一定差别，总数达585，表明不同环境下鳢肠道内容物中优势菌群较为丰富；采集的样品中优势菌群主要为红球菌属Rhodococcus、梭菌属Clostridium、微杆菌Microbacterium、弧菌属Vibrio、气单胞菌属Aeromonas和邻单胞菌属Plesiomonas等，其中，梭菌属、红球菌属在所有样品中均存在，但不同环境所占的比例不同；热图分析显示，鳢肠道微生物群落中还包含变形杆菌属Proteus、肠球菌属Enterococcus、乳杆菌属Lactobacillus、拟杆菌属Bacteroides、棒杆菌属Corynebacterium等其他菌属，但占比不高，说明菌群数量不多；PCA分析显示，人工养殖杂交鳢(DM、BRCT、BRSIVC、XT)的肠道微生物群落结构比较接近，但与野生鳢(YJ)的群落结构具有一定差异。研究表明，相同环境下鳢肠道内容物中微生物群落菌属有所相似，不同环境条件下的鳢肠道微生物类群数量和优势菌群均存在显著差异。

关键词：鳢,16SrRNA,肠道微生物,优势菌群,群落结构

基金资助：国家现代农业产业技术体系专项(CARS-46)；中国水产科学研究院院级基本科研业务费(2020TD34)；广东省现代农业产业技术体系创新团队建设项目(2019KJ150)