匙指虾科线粒体基因组结构与系统进化分析

来源：大连海洋大学学报杂志2022年第3期北京时间：

作者：朱陇强, 朱志煌, 朱雷宇, 王定全, 王健鑫, 林琪

单位：1.福建省水产研究所 福建省海洋生物增养殖与高值化利用重点实验室，福建 厦门 361013；2.浙江海洋大学 海洋微生物分子生态与应用实验室,浙江 舟山 316022

摘要：为深入研究匙指虾科Atyidae物种鉴定、分类及遗传进化等相关内容，利用DnaSP 6、PhyML 3.1、MEGA 5.0、MrBayes 3.2.6及BEAST 2.6.3软件对NCBI数据库中24个匙指虾科物种线粒体全基因组序列进行了分析。结果表明：匙指虾科物种线粒体基因组长度为15 318～16 430 bp，AT含量为62.20%～70.19%；24个匙指虾科物种线粒体基因组基因的组成和排列模式保持一致；线粒体基因组差异位点分析显示，nd5和nd4基因变异位点比例较高且变异位点数最多；基于13个蛋白质编码基因(protein-coding genes,PCGs)的核苷酸序列系统进化分析显示，除Paratyinae亚科为单系群外，Typhlatyinae和Caridellinae亚科均为非单系群，三者亲缘关系较近且聚为一大支，与单独成为一个类群的Atyinae成姊妹关系；根据分子钟估算结果推测，Paratyinae、Typhlatyinae和Caridellinae亚科物种最近的共同祖先可能出现在石炭纪中期到二叠纪时段，Atyinae亚科物种最近的共同祖先可能出现在二叠纪早期到侏罗纪时段，随后进一步分化为具有现代特征的匙指虾科种类。研究表明，nd5和nd4基因可作为匙指虾理想的分子标记进行物种遗传分析，Typhlatyinae和Caridellinae的单系性仍存在争议，地理板块运动对匙指虾科物种分化具有重要影响。

关键词：匙指虾科,线粒体基因组,系统发育

基金资助：国家重点研发计划“蓝色粮仓科技创新”项目(2019YFD0901305)；福建省海洋与渔业结构调整专项(2020HYJG01,2020HYJG08)；福建省海洋服务与渔业高质量发展专项资金项目(FJHY-YYKJ-2022-1-7)；舟山市科技局科研项目(2019C21011)