长江刀鲚脑转录组多态性EST-SSRs的规模化开发与利用

来源：大连海洋大学学报杂志2023年第2期北京时间：

作者：于爱清, 施永海, 徐嘉波

单位：上海市水产研究所 上海市水产技术推广站，上海 200433

摘要：为加速长江刀鲚(Coilianasus)分子标记辅助育种的研究进程，对养殖长江刀鲚雌、雄个体分别进行转录组测序，利用MISA软件挖掘长江刀鲚脑转录组Unigenes中的EST-SSRs，采用SSRMMD软件规模化开发多态性EST-SSRs，并对3个长江刀鲚养殖群体开展遗传多样性研究。结果表明：从雌性长江刀鲚脑转录组143 374条Unigenes中获得了 95 905个EST-SSRs，从雄性脑转录组135 215条Unigenes中获得了88 774个EST-SSRs；雌、雄转录组EST-SSRs均以二核苷酸重复基序数量最多，其他核苷酸重复基序的数量均呈逐级减少的趋势；单核苷酸到三核苷酸重复基序的优势重复基序分别为A/T、AC/GT和AGG/CCT；从1 082个多态性EST-SSRs中随机选取20个位点设计基因特异性PCR扩增引物，并进行有效性和多态性验证，获得了18对多态性较好的EST-SSRs(多态率约为90%)，用其评估长江刀鲚不同年份(2018、2019和2020年)养殖群体的遗传多样性，结果显示，2018、2019、2020养殖群体的平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.445 2、0.485 4和0.420 9，表明长江刀鲚养殖群体的遗传变异较为丰富。研究表明，基于长江刀鲚脑转录组数据所开发的多态性EST-SSRs能够应用于不同年份养殖群体的种质资源评估和遗传育种研究。

关键词：长江刀鲚,转录组,微卫星,分子标记

基金资助：上海市自然科学基金(19ZR1477900)；上海市科技兴农重点攻关项目(沪农科攻字(2016)第6-2-2号)；上海领军人才项目(沪人社专2021-67号)