5个乌鳢群体的SLAF测序及群体遗传结构和遗传多样性分析

来源：大连海洋大学学报杂志2024年第6期北京时间：

作者：张晋, 刘海洋, 崔同心, 欧密, 罗青, 费树站, 陈昆慈, 赵建

单位：1.上海海洋大学 水产与生命学院，上海 201306；2.中国水产科学研究院珠江水产研究所，广东 广州 510380；3.浙江海洋大学 水产学院，浙江 舟山 316022

摘要：为探究地方乌鳢(Channaargus)群体的遗传结构和遗传多样性，基于SLAF-seq测序技术开发的SNP分子标记对5个乌鳢群体的群体遗传结构及遗传多样性进行了分析。结果表明：共检出1 987 293个群体SNP标记，平均测序深度为16.33 x，平均Q20含量和平均GC含量分别为99.17%和41.19%；5个群体的遗传多样性结果显示，观测杂合度(Ho)为0.078～0.134，期望杂合度 (He) 为0.094～0.183，多态信息含量 (PIC) 为0.156～0.250，近交系数 (FIS) 为0.288～0.579，核苷酸多态性(π)为2.96×10-6～5.73×10-6；遗传分化及遗传结构分析结果表明，各群体之间基因流(Nm)为0.503～0.856，均小于1；各群体之间的群体遗传分化系数(Fst)为0.042～0.247；系统发育树中黑龙江抚远、山东省微山湖和浙江湖州群体各聚成一支，而四川内江的普通乌鳢和白乌鳢则聚成一支；5个乌鳢群体可分为4个亚群，除浙江湖州群体外，其他地区群体中存在来自祖先亚群基因交流；试验结果表明，通过SLAF-seq技术可以以较低的成本实现对乌鳢群体遗传多样性的鉴定与基因分型；乌鳢各群体的Ho均低于He，群体存在一定程度的近亲繁殖；5个乌鳢群体的杂合度、多态信息含量和核苷酸多态性均较低，表明遗传多样性水平较低；群体间核苷酸多态性差异较小；5个乌鳢群体遗传分化水平不一，四川内江群体之间处于低度遗传分化水平，其余群体之间处于中、高度遗传分化水平，形成了较为明显的遗传分化。该研究为乌鳢遗传资源保护及新品种开发提供了科学参考。

关键词：乌鳢,SLAF测序,群体遗传结构,遗传多样性,SNP标记

基金资助：现代农业产业技术体系建设专项(CARS-46)；中国水产科学研究院基本科研业务费专项(2023TD37，2023SJHX2)；国家自然科学基金(32373127)；广东省乡村振兴战略专项资金(2022-SPY-00-016)